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| 24.06.2006 | Carmarthen Town | 1-3 | Tampere Utd | |
| 17.06.2006 | Tampere Utd | 5-0 | Carmarthen Town |
| 24.06.2006 | Dungannon Swifts | 0-0 | Keflavik IF | |
| 17.06.2006 | Keflavik IF | 4-1 | Dungannon Swifts |
| 24.06.2006 | Partizani Tirana | 2-1 | Ethnikos Achnas | |
| 17.06.2006 | Ethnikos Achnas | 4-2 | Partizani Tirana |
| 25.06.2006 | CS Grevenmacher | 0-6 | FC Nitra | |
| 18.06.2006 | FC Nitra | 6-2 | CS Grevenmacher |
| 24.06.2006 | FC Tiraspol | 2-0 AET | FK MKT Araz | |
| 17.06.2006 | FK MKT Araz | 1-0 | FC Tiraspol |
| 24.06.2006 | HB Torshavn | 0-1 | Dinaburg FC | |
| 18.06.2006 | Dinaburg FC | 1-1 | HB Torshavn |
| 25.06.2006 | Kalmar FF | 2-0 | Trans Narva | |
| 17.06.2006 | Trans Narva | 1-6 | Kalmar FF |
| 24.06.2006 | Dinamo Tbilisi | 3-0 | Kilikia Yerevan* | |
| 18.06.2006 | Kilikia Yerevan* | 1-5 | Dinamo Tbilisi |
| 25.06.2006 | MTZ-RIPO | 1-3 | Shakhtyor Karagandy | |
| 17.06.2006 | Shakhtyor Karagandy | 1-5 | MTZ-RIPO |
| 25.06.2006 | Farul Constanta | 2-0 | Pobeda Prilep | |
| 18.06.2006 | Pobeda Prilep | 2-2 | Farul Constanta |
| 24.06.2006 | Shelbourne FC | 4-0 | FK Vetra | |
| 18.06.2006 | FK Vetra | 0-1 | Shelbourne FC |
| 24.06.2006 | Maribor | 5-0 | UE Sant Julià | |
| 18.06.2006 | UE Sant Julià | 0-3 | Maribor |
| 25.06.2006 | Marsaxlokk | 1-1 | Zrinjski Mostar | |
| 17.06.2006 | Zrinjski Mostar | 3-0 | Marsaxlokk |