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| 05.07.2006 | |||
| 18:30 | Stade Brestois | 0-2 | FC Lorient |
| 18:00 | Austria Lustenau | 1-6 | Dynamo Kyiv |
| 18:00 | FC Wohlen | 0-2 | FC Luzern |
| 18:00 | Gratkorn | 1-2 | FK Crvena Zvezda |
| 17:30 | Standard Liège | 1-1 | Nagoya Grampus Eight |
| 17:00 | Ceske Budejovice | 4-1 | Pribram |
| 17:00 | Club Brugge | 2-2 | VfL Bochum |
| 15:00 | MFK Ruzomberok | 1-1 | Banik Ostrava |
| 14:30 | Viktoria Plzen | 1-1 | Hradec Kralove |
| 12:00 | Slovan Liberec | 2-0 | FC Nitra |
| 04.07.2006 | |||
| 18:30 | FC Basel | 2-2 | Dinamo Zagreb |
| 18:30 | Grenoble | 1-0 | FC Gueugnon |
| 18:05 | Legia Warszawa | 1-0 | Celtic FC |
| 18:00 | FC Istres | 1-0 | ESTAC Troyes |
| 18:00 | Omonia Nicosia | 0-0 | AE Larisa |
| 18:00 | SC Bastia | 1-1 | Le Havre AC |
| 17:20 | Kapfenberg | 3-5 | Kaiserslautern |
| 16:00 | AGF Aarhus | 0-1 | Brøndby IF |
| 16:00 | Ujpest FC | 1-1 | FC Artmedia Bratislava |
| 03.07.2006 | |||
| 19:00 | Austria Wien | 4-2 | 1.FC Köln |