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| 01.08.2006 | B36 Torshavn | 0-5 | Fenerbahçe SK | |
| 26.07.2006 | Fenerbahçe SK | 4-0 | B36 Torshavn |
| 02.08.2006 | FK Crvena Zvezda | 3-0 | Cork City | |
| 26.07.2006 | Cork City | 0-1 | FK Crvena Zvezda |
| 02.08.2006 | Dinamo Zagreb | 5-2 | FK Ekranas | |
| 25.07.2006 | FK Ekranas | 1-4 | Dinamo Zagreb |
| 02.08.2006 | MyPa | 2-2 | FC København | |
| 26.07.2006 | FC København | 2-0 | MyPa |
| 02.08.2006 | RB Salzburg | 2-0 | FC Zürich | |
| 26.07.2006 | FC Zürich | 2-1 | RB Salzburg |
| 02.08.2006 | Legia Warszawa | 2-0 | FH Hafnarfjordur | |
| 26.07.2006 | FH Hafnarfjordur | 0-1 | Legia Warszawa |
| 02.08.2006 | Dynamo Kyiv | 4-0 | Metalurgs Liepaja | |
| 26.07.2006 | Metalurgs Liepaja | 1-4 | Dynamo Kyiv |
| 02.08.2006 | MFK Ruzomberok | 3-1 | Djurgårdens IF | |
| 26.07.2006 | Djurgårdens IF | 1-0 | MFK Ruzomberok |
| 02.08.2006 | Valerenga | 2-2 | Mlada Boleslav | |
| 26.07.2006 | Mlada Boleslav | 3-1 | Valerenga |
| 02.08.2006 | Rabotnicki Skopje | 4-1 | Debrecen VSC | |
| 26.07.2006 | Debrecen VSC | 1-1 | Rabotnicki Skopje |
| 02.08.2006 | Sioni Bolnisi | 0-2 | Levski Sofia | |
| 26.07.2006 | Levski Sofia | 2-0 | Sioni Bolnisi |
| 02.08.2006 | Siroki Brijeg | 0-0 | Hearts FC | |
| 26.07.2006 | Hearts FC | 3-0 | Siroki Brijeg |
| 02.08.2006 | Spartak Moscow | 0-0 | Sheriff Tiraspol | |
| 26.07.2006 | Sheriff Tiraspol | 1-1 | Spartak Moscow |
| 02.08.2006 | Steaua Bucuresti | 3-0 | ND Gorica | |
| 26.07.2006 | ND Gorica | 0-2 | Steaua Bucuresti |